WaRINEX bietet darüber hinaus auch spezielle Manipulationsmöglichkeiten der Beobachtungsgrößen:

• Korrektur der Antennenphasenzentrumsfehler:
Nicht jede GNSS-Auswertesoftware kann jede Art von Korrektionen für Fehler des Antennenphasenzentrums verarbeiten. So kann es sinnvoll sein, eine entsprechende Korrektur schon in einem Vorverarbeitungsschritt durch Veränderung der Beobachtungsdaten vorzunehmen. WaRINEX ermöglicht es auch, einmal angebrachte Korrektionen wieder zu beseitigen.
• Interpolation von zusätzlichen GNSS-"Beobachtungen":
Dateninterpolation wird auf statische GNSS-Beobachtungen angewandt, die als Referenz für präzise kinematische Positionierung dienen. Sie müssen für Post-Processing-Anwendungen mit dem selben Epochenabstand vorliegen wie die kinematischen Beobachtungen, also mit Epochenabständen von einer Sekunde oder Bruchteilen einer Sekunde. Wurden solche Daten nicht aufgezeichnet oder archiviert, können sie nun nachträglich berechnet werden. Vorteile ergeben sich auch daraus, dass nun Referenzbeobachtungen mit geringerem Epochenabstand erzeugt werden können, als der Referenzempfänger fähig ist, aufzuzeichnen. 
• Verlagerung der Antennenposition
Werden mehrere Referenzstationen in lokaler Nachbarschaft betrieben, so kann es sinnvoll sein, die Beobachtungsdaten der Hauptstation bei einem Datenausfall durch Beobachtungen einer der Nebenstationen zu ergänzen. Dafür müssen die Beobachtungen der gewählten Nebenstation auf die Hauptstationsposition übertragen werden.